Etnomusikoloogia klassik Bruno Nettl on määratlenud seda kui „muusika uurimine kultuuris ja kultuurina.” Saksamaal 19. sajandil tekkinud muusikateaduse uurimisobjektiks oli eeskätt õhtumaise kultuuri kontsertmuusika. Muusikateaduse haru, mis tegeles teiste kultuuride ja loodusrahvaste muusikaga nimetati võrdlevaks muusikateaduseks, kuid sellegi vaatlusviisid pärinesid Euroopa muusikalisest mõtlemisest – võrreldi noodistatud viiside heliridu, rütme ja muid puhtmuusikalisi struktuure. Väga tugev oli vaade, et ühehäälne muusika ka teistes kõrgkultuurides (Hiina, India, Araabia), rääkimata loodusrahvaste muusikast, on midagi madalamat võrreldes Euroopas arenenud kontsertmuusikaga, peamiseks mõõdupuuks oligi tonaalse harmoonia keerukus. 1950. aastatel tekkis võrdleva muusikateaduse kõrvale etnomusikoloogia, mis võttis oma lähenemised hoopis etnoloogiast ja antropoloogiast. Hakati huvi tundma muusika mõiste ja rollide üle teiste kultuuride või loodusrahvaste kogukondade elus, üldse igasuguste kontekstide vastu. Helistruktuuride uurimine ei kadunud, küll aga võrdleva muusikateaduse ideed – helisalvestiste levikuga sai järjest selgemaks, et maailma eri nurkadest pärit noodistatud viisijuppe on mõttetu võrrelda.

Etnomusikoloogia vaatleb tavaliselt kultuure väljastpoolt ja võimalikult neutraalselt, vastandina muusikalisele folkloristikale, mille juured on 19. sajandi rahvusromantismis ja millega enamasti liituvad väärtustavad rahvuslikud ideed. Juba 1970. aastatel leiti, et etnomusikoloogia vahendid sobivad jazzi, rocki ning ka igasuguse popmuusika, reklaamide jms. vaatlemiseks, mille puhul helistruktuuride analüüsimine jätaks olulisemad küsimused kõrvale. Viimastel aastakümnetel on etnomusikoloogid huvitunud erinevate subkultuuride muusikast tänapäevases linnastunud ja globaliseeruvas maailmas. Mitmed kriitilised teooriad ja kultuuriloo mõju kiire kasv on inspireerinud ka klassikalist muusikat uurivaid muusikateadlasi kasutama võimalikult etnomusikoloogia-laadset neutraalset lähenemist, huvituma ka meelelahutus- ja tarbemuusikast, esitama rohkem küsimusi muusika tegijate ja kuulajate kohta.